Krigen ødela Japan fullstendig, og Godzilla sendte landet enda lenger ned i avgrunnen. To år har gått siden den gang, og landet har måttet kjempe en smertefull kamp for å komme seg på beina igjen og endelig få tilbake et normalt hverdagslivet. Akkurat da menneskeheten endelig klarte å holde fast ved en hardt tilkjempet fred, slår en ny trussel til og knuser håpet på et øyeblikk. Det blir ingen tredje gang. Alt ender her.